为了拯救死去的程小时，陆光回到了最初，沿着命运的轨迹重新开始。然而一张载着程小时父母线索的照片出现在时光照相馆，为查明真相，陆光怀着忐忑的心情与程小时前往英都。看似友善的当红模特夏斐，举止乖张的唐人街之首Vein，还有神秘现身的刘枭……面对怀揣不同目的的人们，陆光能否打破那注定的死局
由于阿笠博士家的浴室出了故障，柯南随同小兰、灰原一同去大众浴池洗澡，期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。 一番混乱后，天才欺诈师娜娜和神秘杀手近藤将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸，娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用柯南制造一起炸弹恐怖袭击。 与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面……
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的女友毛利兰在多罗碧加乐园约会时遇到了杀人事件。身为侦探的新一揭穿了这场杀人事件的骗局，不料却在目睹了行动诡异的黑衣男子的交易场景之后，遭到背后袭击并被灌下神秘组织新研发的毒药Apoptoxin 4869，醒来时身体便回到了孩童状态。
