时矢在丧失了记忆的情况下，与同事们前往辖区外的神户六甲山进行团体旅行。到达山上酒店时，这里已经聚集了6名客人。而这六名客人也都因为不约而同地收到了“神秘邀请函”，继而来到此地。 与外部连接的道路在不久后全部被切断，酒店成为了陆地孤岛。更令人意想不到的是，孤岛酒店里发生了不可思议的杀人事件。
由于阿笠博士家的浴室出了故障，柯南随同小兰、灰原一同去大众浴池洗澡，期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。 一番混乱后，天才欺诈师娜娜和神秘杀手近藤将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸，娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用柯南制造一起炸弹恐怖袭击。 与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面……
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的女友毛利兰在多罗碧加乐园约会时遇到了杀人事件。身为侦探的新一揭穿了这场杀人事件的骗局，不料却在目睹了行动诡异的黑衣男子的交易场景之后，遭到背后袭击并被灌下神秘组织新研发的毒药Apoptoxin 4869，醒来时身体便回到了孩童状态。
